Йен Уотсон родился 20 апреля 1943 года в английском городе Норт-Шилдсе, что в графстве Нортумберленд. Первым фактором, определившим жизненный путь будущего писателя, стал один из самых престижных колледжей Оксфорда — Байолльский, который Уотсон закончил с дипломом филолога-лингвиста. Вторым толчком к литературному труду стали путешествия. Уотсону повезло: его приглашали читать лекции по английскому языку в самые экзотичные страны — от Танзании до Японии. В Токио, где молодой филолог провёл три года, он совершенно естественно «заболел» местными языком и культурой, что нашло отражение в романе «Под небесным мостом», написанном в соавторстве с таким же «японофилом» Майклом Бишопом.

По возвращении на родину Уотсон устроился сначала в Бирмингемский политехнический институт, а затем перебрался в аналогичный Лондонский. В обоих он читал курс Future Studies, что буквально переводится как «изучение будущего». В Лондонском политехе Уотсон прочёл и первый в Англии академический курс по научной фантастики

Писать фантастику  он начал в шестидесятых, ещё будучи в Японии. Правда, первым крупным опубликованным произведением стал нефантастический роман для детей «Япония на кошачий взгляд», вышедший на английском.

Большинство рассказов писателя объединены в сборники «Солнечный удар» (1982), «Медленные птицы» (1985), «Слезинки Сталина» (1991) и другие. Были среди его новелл настоящие удачи — например, «Очень медленная машина времени» и «Медленные птицы», номинированные на «Хьюго» и «Небьюлу». Однако славу писателю принесли не они, а романы.

Свой собственный путь он обозначил в первом же романе «Внедрение», который немедленно вывел автора в соискатели премии имени Джона Кэмпбелла. Спустя два года французский перевод романа завоевал на родине Жюля Верна высшую награду — приз Apollo. «Внедрение» — это глубокая, многоплановая и притом отлично «организованная» книга о языке. Его силе и ограниченности, неизбежной при попытках адекватно описать всё богатство окружающего мира, о его уникальной миссии — служить мостом общения, и о гипотетических возможностях языка творить реальность, а не только её описывать.

В следующем романе, «Набор для Ионы» (1975), автор снова озабочен философской проблемой общения. Только на сей раз это контакт с китами, в мозг которых имплантированы образцы человеческих мыслей. Причем подопытные киты знакомятся с представлениями о мироздании не рядового человека, а ученого-астронома, только что сделавшего важное открытие.

Особняком стоит в творчестве Уотсона роман, написанный в соавторстве с женой и впервые вышедший во Франции в 1976 году. Некоторое время писатель даже не мог найти издателя для книги — всех отпугивало название: «Машина оргазма». Между тем, проблема, как оказалось, была только в названии (на английском роман вышел в 1982 году под названием «Фабрика женщин»), потому что это вполне умеренная сатира на эксплуатацию женщин в современном обществе.

Постепенно Уотсона все более захватывали философские абстракции, мифологические и культурологические идеи и символы — весь этот круговорот «умирания-рождения», информации-энтропии, объективного-субъективного — и куда меньше заботили такие элементы, как сюжет, образы героев или социальная привязка. Хотя нужно отдать должное писателю: его книги становятся всё менее понятными, но читать их по-прежнему здорово!

В романе «Сады наслаждений» (1980) автор материализует сюрреалистические фантазии великого Босха (они стали реальностью на далёкой планете, некогда заселённой колонистами с Земли). Всё изысканно, богато, продуманно и… дальше этой «материализации духов» автор не пошёл — то ли не знал, что со всем этим делать, то ли игра в конструирование нового мира прискучила самому конструктору. Ещё больших холодком веет от «Охотника за смертью» (1981) — социальной утопии, в которой мир и гармония достигаются за счёт внутреннего примирения каждого члена общества с неизбежностью смерти.

В 1984-1985 годах вышла трилогия Уотсона «Чёрный поток», вызвавшая, пожалуй, наибольшие споры. Сага Уотсона начинается как фантастика социальная. Автор противопоставляет два общества, разделённые непреодолимой границей-Рекой: патриархальное и феминистское. Однако уже ко второму тому действие раскручивается в конфликт поистине вселенский, читатель вместе с героиней оказывается ввергнут в космическое столкновение каких-то непостижимых высших сил, называющих себя Червем и Богомыслью. Героине предстоит пройти через цепь приключений, пережить мифологические «смерть-рождение», прежде чем она осознает своё место в этом мире и свою ответственность перед соплеменниками.

Еще одно достойное внимания произведение, «Путешествие Чехова» — фантастический роман об авторе «Чайки» и «Вишневого сада». Некая советская кинокомпания предлагает герою совершить мысленное путешествие в прошлое на «психомашине времени», чтобы встретиться с реальным Чеховым. Однако появление ее в России 1908 года вызывает природный катаклизм в небе над сибирской рекой Подкаменная Тунгуска. И что интересно — реального Антона Павловича известие о взрыве так заинтересовало, что он отложил на время недописанное и всецело отдался изучению загадочного феномена… Закончивший Оксфорд Уотсон развесистой клюквы избегал и к нашим историческим реалиям отнесся предельно корректно.

И вообще, для него, как всегда, сюжет — не главное. Главное — мысль. А поразмышлять по прочтении книги будет над чем: тут и философия истории, и проблема «исторической объективности», и проблема вмешательства в ход истории…

Романы Уотсона 1990-х годов и последние произведения писателя не вызывали такого интереса, как ранние работы. Но хочется верить, что поклонники его творчества дождутся возвращения писателя из интеллектуального лабиринта, в который он сам себя загнал.

В последние годы писатель активно посещает различные европейские конвенты и фестивали фантастики. В 2006 году он приезжал на «Еврокон» в Киев. Живет в сельской местности, в 60 милях к северу от Лондона.